1. 分類
ゲル電気泳動は、縦型(カラムゲル、スラブゲルを含む)と横型(主にスラブゲル)に分けられます(図6-18)。一般に、垂直方向の分離は水平方向よりわずかに優れていますが、水平方向のゲル調製には少なくとも 4 つの利点があります。ゲル全体の下にサポートがあるため、低濃度のアガロースの使用が可能です。異なる仕様のアガロースゲルプレートを準備することが可能です。ゲルの調製とサンプルのロードがより便利になります。電気泳動チャンバーは組み立てが簡単で、コスト効率が高くなります。水平電気泳動は、アガロースゲルプレートを泳動バッファー面から約1mm下に完全に沈めて行うため、液中電気泳動とも呼ばれます。
アガロースゲル電気泳動用電気泳動槽 DYCP-31DN
2.バッファシステム
核酸分離では、ほとんどのシステムが連続式を採用しています。一般的に使用される電気泳動バッファーには、TBE (0.08mol/L Tris・HCl、pH 8.5、0.08mol/L ホウ酸、0.0024mol/L EDTA) バッファーおよび THE (0.04mol/L Tris・HCl、pH 7.8、0.02mol/L) があります。酢酸ナトリウム、0.0018mol/L EDTA) 緩衝液。これらの緩衝液は通常、10 倍の原液として調製され、使用時に必要な濃度に希釈されます。アガロースゲルにおける直鎖状および環状 DNA の移動速度は、使用する緩衝液によって異なります。 THE バッファーでは、直鎖状 DNA の移動速度は環状 DNA の移動速度よりも大きくなりますが、TBE バッファーではその逆になります。
3.アガロースゲルの調製
(1) 水平型アガロースゲルの調製
(a) 1x 電気泳動バッファーを使用して、必要な濃度のアガロースゲルを調製します。
(b) アガロースを沸騰水浴、マグネティックスターラー、または電子レンジのいずれかで加熱して完全に溶解します。アガロース溶液を55℃に冷却し、臭化エチジウム(EB)色素を最終濃度0.5μg/mlまで添加します。
(c) ガラスまたはアクリル板の端を少量のアガロースゲルでシールし、コームを追加し、コームの歯をプレートの約 0.5 ~ 1.0 mm 上に配置します。
(d) 気泡が入らないように、溶解したアガロースゲル溶液をガラスまたはアクリル板の型に連続的に注ぎます (厚さは DNA サンプルの量によって異なります)。室温で自然に固まります。
(e) 完全に固まった後、慎重にコームを取り外します。ゲルタンクに適量の電気泳動バッファーを加え、ゲルプレートが電気泳動バッファーの表面から約 1 mm 沈むようにします。
(2) 垂直アガロースゲルの調製
(a) エタノールで洗浄して、ガラス板からグリースや残留物を除去します。
(b) 前後のダムの間にスペーサー プレートを配置し、スペーサー プレートの端を前後のダムに合わせてクランプで固定します。
(c) スペーサー プレートの端の間に 1x バッファー中の 2% アガロースを追加して、ゲル キャスティング チャンバーの底に高さ 1 cm のアガロース プラグを形成します。
(d) 1x バッファーで調製した目的の濃度の融解アガロースゲルを、ゲルチャンバーの上部から 1 cm 下の位置まで注ぎます。
(e) 櫛の歯の下に気泡が入らないように注意しながら、櫛を差し込みます。場合によっては、アガロースゲルの冷却中に櫛の歯にしわが現れることがあります。このような場合は、溶かしたアガロースを上部に加えて固めるだけです。
(f) コームを取り外します。ローディングスロットでのバッファーの漏れを防ぐために、アガロースゲルプレートと電気泳動チャンバーの間の接続を 2% アガロースで密封し、必要な量のバッファーを追加します。
(g) 1x 電気泳動バッファーをゲルチャンバーに加えます。
(h) DNA サンプルをバッファーの下のアガロースゲルに注意深くロードします。
アガロースゲル電気泳動に関する基礎知識の詳細については、来週共有する予定です。これらの情報があなたの実験に役立つことを願っています。
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投稿日時: 2023 年 12 月 7 日